Інститут носить ім’я Григорія Еммануїлович Вейнштейн, відомого промисловця, голови Одеського біржового комітету, мецената, засновника Одеської національної академії харчових технологій. Він у 1894 році вирішив заснувати Одеську школу мукомелів. Ця подія і стала початком історії Одеської національної академії харчових технологій.
Засновником та ідейним натхненником створення Навчально-наукового інституту прикладної економіки і менеджменту ім.Г.Е.Вейнштейна став доктор економічних наук, професор, завідувач кафедри економіки промисловості – Павлов Олександр Іванович. Навчально-науковий інститут прикладної економіки і менеджменту ім.Г.Е.Вейнштейна створено 7 вересня 2012 року.
Подальший свій розвиток та укріплення Навчально-науковий інститут прикладної економіки і менеджменту ім.Г.Е.Вейнштейна віднайшов під керівництвом досвідченого управлінця – завідувача кафедри менеджменту і логістики, доктора економічних наук, професора – Савенко Ігоря Івановича.
Справжнього розквіту Навчально-науковий інститут прикладної економіки і менеджменту ім. Г.Е. Вейнштейна досягнув під керівництвом кандидата економічних наук, доцента кафедри менеджменту і логістики – Каламан Ольги Борисівни.
Подальшого розвитку Навчально-науковий інститут прикладної економіки і менеджменту ім. Г.Е. Вейнштейна досягнув під керівництвом доктора економічних наук, професора кафедри обліку та аудиту Мельника Юрія Миколайовича.
Подальший свій розвиток та укріплення Навчально-науковий інститут прикладної економіки і менеджменту ім.Г.Е.Вейнштейна віднайшов під керівництвом досвідченого управлінця, доктора економічних наук, професора кафедри ЦТФО , голови Одеського територіального відділення Федерації аудиторів, бухгалтерів і фінансистів АПК України, члена редколегії журналу наукових праць «Соціальний розвиток та безпека» («Social development and Security»), громадської організації «Українська наукова спільнота», м. Київ -Іванченкової Лариси Володимирівни.
З грудня 2022 року – ректорка ОНТУ
У лютому 2023 р. директором Навчально-наукового інституту прикладної економіки і менеджменту ім.Г.Е.Вейнштейна ОНТУ стала доктор економічних наук, професор кафедри менеджменту і логістики, Козак Катерина Богданівна.
Навчально-науковий інститут прикладної економіки і менеджменту ім.Г.Е.Вейнштейна об`єднує дев`ять кафедр:
1. Кафедра обліку і аудиту
2. Кафедра економічної теорії та фінансово-економічної безпеки
3. Кафедра цифрових технологій і фінансових операцій
4. Кафедра економіки промисловості
5. Кафедра торговельного підприємництва, товарознавства та управління бізнесом
6. Кафедра маркетингу, підприємництва і торгівлі
7. Кафедра публічного управління та адміністрування
8. Кафедра менеджменту і логістики
9.Кафедра філософії і права
В Інституті є аспірантура зі спеціальностей 051 – Економіка, 073 – Менеджмент , 076 – Підприємництво, торгівля та біржова діяльність, існує можливість навчання у цільовій докторантурі, функціонує наукова школа «Забезпечення функціонування та розвитку системи економічної безпеки держави та суб’єктів господарської діяльності» (керівник – д-р екон. наук, проф. Павлов О.І.), видаються два наукові журнали: фаховий журнал категорії «Б» – «Економіка харчової промисловості» (спільно з Інститутом проблем ринку та економіко-екологічних досліджень НАН України) та «Економічна та продовольча безпека України».
Місія Інституту полягає в створенні конкурентоспроможної моделі багаторівневої системи освіти, що відповідає сучасним вимогам і задовольняє потреби особистості, шляхом інтеграції навчального процесу, виробництва і науки. Для її виконання розроблені Концепція, Стратегія і Цільова програма розвитку Інституту.
Мета діяльності Інституту – покращення якості навчання, посилення практичної спрямованості підготовки фахівців, підвищення результативності науково-дослідницької діяльності, перш за все у сфері прикладної економіки відповідно до профілю діяльності академії.